高中生侦探工藤新一，被称为日本警察的救世主、平成年代的福尔摩斯、关东的名侦探一次在与青梅竹马的毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人工藤新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX-4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态考虑到要是黑衣人知道他还活着，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是工藤新一化名为江户川柯南寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲毛利小五郎来找寻黑衣人不料小五郎不但对其没有帮助，还是个冒失的迷糊侦探。所以发生案件后，柯南就用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让小五郎睡着，接着用蝴蝶结型变声器模仿他的声音来进行推理，解决了许多案件。同时，柯南也结交了许多同伴，也一直寻找着黑衣组织的人的下落，希望有朝一日将其绳之以法，并变回原来的样子……